La Asociación se organiza en torno a tres órganos básicos:
Asamblea General: Órgano supremo de gobierno que se convoca, al menos, una vez al año y donde se encuentran representadas todas las empresas asociadas.
Junta Directiva: Órgano que gestiona y representa la Asociación y se reúne, al menos, tres veces al año, formado actualmente por cinco vocales designados entre los propios Asociados y nombrados por la Asamblea General con un mandato de tres años, renovable a su término.
La Junta Directiva nombra de entre sus miembros a un Presidente, un Vicepresidente y un Tesorero.
En la actualidad, dichos cargos los ostentan, de forma respectiva:
De la Junta Directiva surgen las propuestas que son objetivo de trabajo por parte de las Comisiones técnicas de la Asociación.
Secretaría General: Se encarga del desarrollo de las funciones de AFLE, ostentando el cargo de Secretario tanto de la Junta Directiva como de la Asamblea General, y asistiendo a las mismas con voz, pero sin voto.